Academia F.C.
Johan Mojica debutó como profesional en Academia F.C.; continuó su carrera en la Segunda División de Colombia jugando para Llaneros Fútbol Club S.A. hasta el 2012, donde se destacó por su técnica y velocidad. En diciembre de ese mismo año se confirma como nuevo refuerzo del Deportivo Cali para afrontar la temporada 2013.
Deportivo Cali
En el Deportivo Cali se afianza como lateral izquierdo jugando así 19 partidos en total, 13 de ellos en la liga y otros 6 en copa, sin lograr conseguir ninguna anotación. Esta regularidad le sirvió para que el Rayo Vallecano pusiera sus ojos en él, y lo fichara para la temporada 2013-2014 en calidad de cedido, pero en la que se reserva una opción de compra.3
Rayo Vallecano
Debutó en el Rayo Vallecano el 15 de septiembre de 2013 frente al Málaga. En el puesto de lateral izquierdo, se ganó la confianza de los técnicos. Finalizó 2013 jugando 12 encuentros con el Rayo, 10 de ellos en liga y otros 2 en Copa del Rey. El 30 de junio de 2014 finalizó su cesión al conjunto franjirrojo y retornó alDeportivo Cali.
Pero tan sólo un par de días después volvería a España, ya que el propio Rayo Vallecano fichó en propiedad a Johan hasta el 30 de junio de 2018, oficializándose a su vez la cesión del jugador colombiano al Real Valladolid, de la segunda división española, durante la temporada 2014/2015.
Real Valladolid
Llega cedido del Real Valladolid en busca de mayor continuidad y experiencia en el fútbol europeo. El 28 de julio 2014 se firmó un acuerdo permanente de cuatro años con el Rayo, y fue inmediatamente cedido al Real Valladolid.4
Selección Nacional
El 20 de marzo de 2015 fue llamado por Jose Nestor Pekerman para los partidos amistosos frente a las selecciones de 
Baréin y 
Kuwait los días 26 y 30 de marzo respectivamente. Frente a la selección de Baréin hace su debut con la selección mayor de Colombia jugando los últimos 27 minutos del encuentro y marcando su primer gol sobre el minuto 80 del partido.
Baréin y Kuwait los días 26 y 30 de marzo respectivamente. Frente a la selección de Baréin hace su debut con la selección mayor de Colombia jugando los últimos 27 minutos del encuentro y marcando su primer gol sobre el minuto 80 del partido.
